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國立政治大學國際關係研究中心二○○九年七月獲得全球知名獨立智庫美國「麥克阿瑟基金會(MacArthur Foundation)」五十五萬美元贊助,進行為期三年的「台灣安全與建構兩岸和平機制」研究計畫,並成立「安全研究中心」單位,此案是台灣首次獲得該會贊助,在美中台學界建立起兩岸和平機制的二軌深度研究平台。

麥克阿瑟基金會於二○○九年提出〈亞洲安全倡議〉研究計畫資助,規畫在未來七年提撥六千八百萬元美金、約廿二億台幣,推動促進亞洲安全政策的相關研究,希望能達成透過國際合作以避免衝突的目標,共有亞洲與美國等廿七個研究機構獲選。

「安全研究中心」下設國防安全、非傳統安全、兩岸和平、國家安全、經濟安全及核能安全等六個小組,與美國、日本、韓國、大陸等各國學者與研究機構智庫進行民間二軌對話。

兩岸關係自○八年起由長期緊張轉為和緩,也突顯出六十年來兩岸的「怕統懼獨」思維應如何調整的問題。執行長劉復國指出,新形勢下的兩岸關係,需要兩岸學界進行「結構性的思考以及全新的探索」。

以外交休兵與軍事互信機制為例,執行長劉復國提到,現在兩岸要外交休兵,「但『休兵』的定義是什麼?休兵期兩岸外交人員要做什麼?」當外交戰場出現結構性轉變,需要以新角度、新思維界定兩岸在國際場合的關係,而既然兩岸不是敵人,雙方在政策上是否應該調整、往何種方向調整,「這些新議題都需要學界先思考釐清。」
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此外,兩岸長期因敵我分明,大陸與對台政策多採領導決策運作,儘管目前兩岸官員已直接上談判桌,但實際談判內容國人難以知悉,而朝野兩黨政治人物因立場差異,在美日政府與學界對兩岸關係發展的態度上也各取所需「發揮」,徒生外界困惑。
公開透明是化解疑慮最佳方式,這個計畫邀請美中台學者直接對談,在學界的二軌平台上,大家公開溝通討論、攤開來講,一起找出都能接受、合理的 「交集點」